昆明学院档案馆在原昆明师范高等专科学校1991年设置的综合档案室和原昆明大学1995年设置的综合档案室合并基础上，整合其他合并、并入昆明学院各学校档案资源组建而成，是对学校档案和校史工作进行组织、协调和管理的职能部门，是保存和提供利用学校档案的业务单位，是学校开展校史研究的组织协调机构。

2007年，昆明学院正式建立以后，在院长办公室内设综合档案科，正科级建制。2019年3月，学校党委决定图书馆与档案馆合署。2020年5月，学校党委决定独立设置档案馆（校史馆筹建办公室），正处级建制。2023年6月，档案馆建成并投入使用。2023年11月，完成学校综合档案整体搬迁，实现学校综合档案集中统一管理。

目前，档案馆在编在岗教职工7人，其中，博士2人，硕士2人，本科3人；副高职称4人，中级职称3人。

馆藏综合档案11个全宗，2万余卷，6万余件。其中，1949年以前档案3卷。为学校高质量发展、校内师生及社会对学校档案信息资源需求提供服务。