昆明学院档案馆在原昆明师范高等专科学校1991年设置的综合档案室和原昆明大学1995年设置的综合档案室合并基础上，整合其他合并、并入昆明学院各学校档案资源组建而成，是对学校档案和校史工作进行组织、协调和管理的职能部门，是保存和提供利用学校档案的业务单位，是学校开展校史研究、展览和教育的专门机构。

2007年，昆明学院正式建立以后，在院长办公室内设综合档案科，正科级建制。

2019 年 3 月，学校党委决定图书馆与档案馆合署。

2020年5月，学校党委决定独立设置档案馆（校史馆筹建办公室），正处级建制。